本实用新型涉及医疗器械的技术领域，特别是涉及一种基因检测废物消毒处理装置，其可对基因检测废物进行消毒处理，并且可对试验废液进行集中处理，防止废液流入到地下水中影响水质，提高了实用性；包括箱体、隔板、第一粉碎轮、第二粉碎轮、收集桶、排出口和控制阀，箱体底端设置有多组支撑腿，支撑腿中部被隔板分割成左右两个腔室，左腔室为固体分解腔，右腔室为废液收集腔，第一粉碎轮和第二粉碎轮通过传动装置固定在固体分解腔内，第一粉碎轮和第二粉碎轮啮合连接，收集桶位于第一粉碎轮和第二粉碎轮底侧，收集桶底端与排出口顶端连通，排出口左端与控制阀右端连接，收集桶外壁设置有加热装置。