本实用新型为一种托盒自动分配机构，包括框架、多组托盒分配组件以及驱动装置，在框架内设有两个第一旋转轴，在两个第一旋转轴的外侧各设一平行的第二旋转轴，第一旋转轴和第二旋转轴的两端分别与框架的两端枢接。在两个第一旋转轴的内侧设有多个托盒存储装置，每组托盒分配组件对应设在每个托盒存储装置的底部下方，每组托盒分配组件包括两个固定夹爪以及两个分配夹爪。位于托盒存储装置同一侧的固定夹爪和分配夹爪呈上下方向间隙放置，且两者之间的间隙等于相邻两个叠放托盒的边沿底面之间的距离，驱动装置用于驱动两个第一旋转轴或两个第二旋转轴同步摆动。本实用新型的托盒自动分配机构能够降低人员劳动量、提高生产效率以及降低交叉污染。