本实用新型公开了一种运输车消毒系统。本申请包括消毒液存储装置和消毒装置，消毒装置包括消毒箱、门体、底板；底板上开有凹槽，凹槽内设有底支管，底支管上设有喷孔，喷孔连接有雾化喷头，底支管的前端固定连接输水总管，输水总管通过出水管连接水泵，水泵通过管道连接储液罐；输水总管的左右两端均连接竖直管，两竖直管的上端分别连接第一水平管，两第一水平管通过第二水平管连接，第二水平管下端连接导液管，导液管连接排液管，排液管上设有喷孔，喷孔连接雾化喷头；消毒装置上还设有消毒液循环装置。本申请中消毒液循环装置能够使消毒箱内的消毒液在前后方向和左右方向更加充分地循环起来，有效提高消毒液的利用率。