本发明公开了一种客车风道杀菌消毒系统，涉及客车技术领域，包括安装于客车上的客车空调以及设置于客车内的风道，还包括导流盒，所述导流盒的进风口与所述客车空调的出风口连通，所述导流盒的出风口与所述风道连通，所述导流盒内设置有正负离子发生器。本发明在客车风道内增加正负离子发生器以及紫外线灯对风道内的空气进行杀菌消毒，解决传统客车的密闭空调车厢内浑浊带细菌、病毒的气体又回流至车厢内而造成的二次感染，保证了空调风道出风口排放的气体是干净、清洁、无毒害的，同时将杀菌消毒系统藏匿于风道内，也避免了杀菌消毒系统本身对人体带来的伤害。