本实用新型涉及空调设备技术领域，公开了一种自然水源制冷系统，用于对玻璃房进行冷却降温，包括：自然取水装置，用于抽取自然水；净化处理装置，所述净化处理装置与所述自然取水装置连接，用于对所采取的自然水进行净化；冷却管路，所述冷却管路设置于地下，与所述净化处理装置连通，通过土壤对净化后的自然水进行自然降温；末端系统，所述末端系统设置于所述玻璃房与所述冷却管路连通，所述末端系统经过所述自然水对所述玻璃房降温。通过采取自然水源经地下土壤降温为室内提供冷源，对玻璃房进行直冷降温，节省了运行费用且达到较好的运行效果。