本实用新型公开了一种微生物培养基分装器，包括机壳，机壳的顶部设有一块盖板，盖板上设有电机，电机传动连接有一个转动轴，转动轴伸入到机壳的内部，转动轴的外周设有若干搅拌轴，机壳的顶部设有进液管，机壳的底部设有排液管；排液管与机壳的连接处设有电磁阀，排液管上设有喷射部件；喷射部件包括一个套管，套管套设在排液管的外周，套管位于排液管的顶部，套管与排液管的连接处两个气孔连通，套管的两侧均连通有一根导气管，每个导气管连接有一个微型气泵，该微生物培养基分装器中，通过喷射部件可以将排液管中的液体全部排出，提高了分装的可靠性，本实用新型设计合理，适合推广使用。