本实用新型提供了一种细胞离心管清洗装置，包括：外壳、固定座和清洗单元。所述外壳包括由上至下依次连接的底座、容纳筒和上盖，所述容纳筒内部设有清洗空腔。所述固定座设置在清洗空腔内部，在固定座上设有容纳槽。所述清洗机构包括：气泵、弹性伸缩机构、转动筒和顶杆，所述气泵的出气管插入容纳槽内部，所述弹性伸缩机构的一端与出气管相连，另一端与转动筒的顶部转动连接，所述转动筒的内部设有叶轮，在转动筒的侧壁上设有第一导气孔，所述顶杆的顶部与转动筒的底部转动连接，顶杆的底部与离心管的底部内壁相抵持。本实用新型所述的一种细胞离心管清洗装置，能够提升清洗装置适用范围并且具有更高的清洁效率。