本实用新型涉及一种预制箱涵底座结构，包括底板，所述底板的两侧边缘垂直于所述底板浇筑有竖墙，所述竖墙的高度不大于排水箱涵高度的一半，所述竖墙中钢筋向上延伸出所述竖墙顶端；所述底板中平行于所述竖墙固定有至少一面隔离墙，所述隔离墙的高度与所述竖墙一致，所述隔离墙中的钢筋向上延伸出所述竖墙顶端。实用新型的一个用途是，将本预制箱涵的底座在岸边预制好之后，由于仅有底板及竖墙的重量，因此能够直接吊装至待安装位置处，海陆交界处较低的水位能够被竖墙阻挡，从而便于对排水箱涵的剩余部分进行水上浇筑，不仅方便了施工，还能够提高施工效率，提高工程质量。