本实用新型涉及一种高效空调过滤杀菌系统，包含气道、进风口、制冷制热机构和出风口，空气由进风口进入气道，经过制冷制热机构后，送至出风口；所述制冷制热机构与出风口之间设置有过滤杀菌模组，过滤杀菌模组包含浅层过滤部件、深层过滤部件和过滤杀菌装置，深层过滤部件的过滤效果大于浅层过滤部件，过滤杀菌装置的杀菌范围至少覆盖深层过滤部件的进风侧；本方案在制冷制热机构的下游设计了过滤杀菌模组，其中，浅层过滤捕捉大颗粒，深层过滤捕捉小颗粒及细菌病毒，两种过滤组合，容污率大，整体压降小，能耗低，可以大幅提高使用寿命；并且在两层过滤中加入紫外线或其他杀菌装置，提高杀菌效果，保证空调环境的安全舒适。