本实用新型涉及生物科研设备技术领域，公开了一种微生物取样装置，包括驱动箱和取样体，驱动箱设有伸缩电机、蓄电池、按钮一、按钮二和伸缩杆；取样体设有固定槽、穿孔一、外取样杯、环形卡凸、卡槽、穿孔二、内取样杯、金属取样杯、连接座、滑条、滑道、螺纹槽、固定环和瓶塞。本实用新型结构简单，内取样杯和外取样杯可重复使用，经济环保；可一次性取得土壤多个层次的微生物样品且不破坏土壤层次，便于对取得的样品进行分析，且不需额外对样品进行分装，在重复多次取样时取样过程省力方便。