本实用新型公开了一种病原微生物储存盒，包括盒体和盒盖，第一横隔板和第一纵隔板交叉布置以将盒体的内腔分隔成若干个第一腔体单元，在每个第一腔体单元内分别设置一个孔板，所述孔板上竖向开设有若干个管孔；所述盒盖包括一框体，所述第二横隔板和第二纵隔板交叉布置以将框体分隔成若干个第二腔体单元，每个第二腔体单元的顶部分别可开合的盖置有一单元盖板；各单元盖板和/或各孔板上喷涂有不同的指示标记或者颜色。本申请提供的病原微生物储存盒，可先根据目标微生物的毒力定位存放区域，在较小的区域内再进行查找，通过分级查找缩短了查找时间。而且，在查找时不需要将盒盖全部打开，避免使所有的离心管都暴露在外。