本实用新型提供一种用于生物反应器的磁流体密封装置，包括壳体、轴承、旋转密封圈、传动轴和磁流体密封机构，旋转密封圈进行一级机械密封，第一磁流体密封机构进行二级磁流体隔绝密封，以提高密封有效果，并且旋转密封圈和第一磁流体密封机构相邻设置，减少两者之间的间隙，避免旋转密封圈漏液时储存液体，旋转密封圈一端突出于壳体左端面，以避免左端出现凹陷面，从而避免出现死体积，方便清洁，右腔体内的第二磁流体密封机构用于防止灰尘或细菌从外部进入，提高密封效果和本实用新型的内部清洁度；采用油基磁流体，油基磁流体与水互不相溶，可以有效的隔绝水、培养液和水蒸气。