本实用新型涉及箱式变电站技术领域，具体的说是一种箱式变电站房顶防水结构，包括变电站箱体和顶板，所述顶板前后左右侧均焊接有导流板，所述顶板下端焊接有顶箱，所述变电站箱体上端面开设有用于插接顶箱的插槽，所述变电站箱体左右两侧上端焊接有凸台，所述凸台上端前后两侧均焊接有第一连接柱，所述第一连接柱下端焊接有第一连接板。本实用新型通过顶板和顶箱的设置，防止雨水进入变电站箱体内，导流板对雨水起到导向作用，避免雨水直接下落从变电站箱体的缝隙中渗入变电站箱体内，顶板、导流板和顶箱与变电站箱体之间通过螺栓固定连接，使得顶板、导流板和顶箱与变电站箱体之间便于安装拆卸。