本实用新型涉及通风空调系统技术领域，具体公开了一种通风空调瞬间灭菌系统，包括空气进风口、瞬间灭菌装置、灭菌空气出风口和风机，风机的进气端与空气进风口相连接，风机的排气端连接瞬间灭菌装置的输入端，瞬间灭菌装置包括二氧化氯消毒装置、过氧化氢银离子消毒装置、紫外线消毒装置、ULPA超高效过滤器、HEPA高效过滤器、激光消毒装置、微波消毒装置、红外线消毒装置、X射线消毒装置以及γ射线消毒装置中的一种或多种，灭菌空气出风口配置在瞬间灭菌装置的输出端。该通风空调瞬间灭菌系统可实现瞬间灭菌和实时灭菌，并且灭菌时对人无害，在有人无人的场所中均可实施灭菌运行。