本实用新型公开了一种水中微囊藻毒素的过滤富集装置，包括抽滤管，具有第一内腔，所述第一内腔一端连接有排液通道，所述排液通道的侧壁设置有抽气管，所述排液通道与所述第一内腔之间设置有带孔支撑板；滤膜管，一端设置有进液口，另一端设置有滤膜，所述滤膜管的内部设置有进液通道，所述进液通道连通所述进液口和所述滤膜；滤膜提取管，具有容纳所述滤膜管及提取液的第二内腔；提取管管盖，连接于所述滤膜提取管，以封闭所述滤膜提取管；其中，所述抽气管连接有真空水泵，所述排液通道连接有密封的容器。该水中微囊藻毒素的过滤富集装置结构简单，对于样品的提取速率快，且可以有效的富集水样中痕量的微囊藻毒素。