本实用新型公开了一种种子分离装置，包括分离箱，所述分离箱内由上至下分为搅拌腔、除尘腔、大颗粒筛选腔、小颗粒筛选腔和杂质腔，所述分离箱的顶部设有电机和位于电机一侧的进料斗一，所述除尘腔的侧壁安装有鼓风机，所述除尘腔与大颗粒筛选腔之间设有分隔板，所述分隔板上设有位于出料斗下方的进料斗二，所述大颗粒筛选腔与小颗粒筛选腔之间倾斜设有大颗粒筛选板，所述大颗粒筛选板的底部设有振动电机一，所述小颗粒筛选腔与杂质腔之间倾斜设有小颗粒筛选板，所述小颗粒筛选板的底部设有振动电机二。本实用新型与现有技术相比的优点在于：省时省力且可对种子进行分级多次筛选分。