本实用新型提供一种胃肠镜防返流三通阀结构，包括主通道和设于所述主通道侧部的辅通道，所述主通道的两端分别设有用于与胃肠镜相连接的胃肠镜接头和用于供附件进入的附件端口，所述辅通道的一端与所述主通道相连通而另一端设有用于与冲洗工具相连通的冲洗接头，所述主通道和所述辅通道内分别设有向所述胃肠镜接头的方向单向流通的单向阀。通过本实用新型可同时使用附件和冲洗工具，从而提高了手术操作的效率，避免了操作时机的延误，而且主通道和辅通道内分别设有单向阀，从而有效防止水液倒流而污染附件和冲洗工具，有效降低了医疗成本，避免交叉感染和环境污染，同时保障医疗安全。