本实用新型提供了一种医用口罩灭菌系统，属于医疗器械灭菌技术领域，包括设备主体、输送装置、消毒气体供应装置和灭菌箱；设备主体具有灭菌腔以及均与灭菌腔连通的进料口和出料口，进料口和出料口之间形成物料输送通道；输送装置贯穿物料输送通道，用于输送医用口罩；消毒气体供应装置用于向灭菌腔内供应消毒气体，以对医用口罩进行消毒；灭菌箱具有进气口和排气口，用于接收灭菌腔内的混合气体，对混合气体进行灭菌，并将灭菌后的气体排出。采用本实施例提供的医用口罩灭菌系统进行医用口罩的消毒灭菌操作，可有效避免出现采用环氧乙烷灭菌、高温高压湿蒸灭菌、电离辐射灭菌或紫外线照射灭菌所造成的问题。