本实用新型提供一种水下高精度质子磁力仪探头，包括探头防护壳体，密封底座，密封盖，液晶显示器，注液管，密封帽，牵引约束圈组件，接线柱，质子容器，极化线圈，测量线圈，底部卡座，计数时钟，存储器，外部控制器，约束探杆和传输电缆，所述的密封底座螺纹连接在探头防护壳体的下部。本实用新型利用质子旋进的原理制成；圆柱形玻璃容器为质子容器并装满含氢质子液体作为灵敏件，在容器周围绕上极化线圈和测量线圈，使线圈轴向垂直于地磁场T方向；带背光的液晶显示器，方便夜间测量；可观测来自三个不同甚低频发射点所感应出来的二次场和总场的甚低频信号相位和相位差；内置计数时钟，数据自动记录和存储器。