本实用新型公开了一种水冷机用辅助降温系统，包括基板、主水箱、换热管、导热筒以及副水箱，所述基板顶端的左侧设置有主水箱，所述主水箱的外侧套设有导热筒，且主水箱的外侧壁上、导热筒的内侧壁上对应开设有卡槽，所述主水箱、导热筒的顶端安放有盖板，所述基板顶端的右侧焊接有定位框，所述定位框的顶端设置有副水箱，所述回流管下方的副水箱内壁上安装有前后两个插槽。该水冷机用辅助降温系统，不仅根据温度监测数据，适时启动逆流换热，并具有增大散热面积、循环过滤冷却液的结构，从而实现了对水冷机中主水箱的辅助降温功能，而且便于相关组件的定位安装，提高了该辅助降温系统的组配效率。