本发明公开了一种搅拌轴密封结构，应用于沼气生产领域，搅拌轴的两端环绕固定有镀硌套；环绕镀硌套设置有法兰盘，法兰盘固定于墙板外表面；法兰盘内环位置固定有环绕于镀硌套的第四透盖；第四透盖内侧设置有固定于主轴的内侧密封件，内侧密封件与第四透盖之间通过V型密封圈密封滑动连接；第四透盖的外侧贴设有第一透盖，其底部之间设置U型密封圈；紧贴第一透盖设置有第二透盖，其之间设置有盘根；第二透盖的外侧紧贴设置有第三透盖，其之间设置有骨架油封；本发明设置多层防护，可以非常有效地防止沼液的外露；镀硌套对于主轴可以起到很好的保护，且本发明在拆卸更换部件方面非常方便简单。