本实用新型公开了一种室内微藻养殖系统及其光能供给方法。它包括采光器、跟踪采光器、收集器、LED补光灯、分光器、光强控制器、透镜散光器、散光器和微藻养殖釜。室外设采光器、跟踪采光器、收集器，室内设分光器、光强控制器、透镜散光器、散光器和微藻养殖釜；采光器与透镜散光器相连通，透镜散光器设在微藻养殖釜正上方；跟踪采光器与收集器相连通，收集器与分光器相连通，分光器与光强控制器相连通，光强控制器与散光器相连通，导光管前端设散光柱，散光柱插入微藻养殖釜内，微藻养殖釜内设有微藻液。该系统通过太阳光和人造光互补方式来实现低成本的微藻室内批量化养殖，既能有效降低微藻养殖的综合成本，又可以避免消耗大量的电能。