本实用新型公开了一种防微生物堵孔电磁阀，包括阀体、盖体及电磁组件，所述阀体上设有进水口、出水口、第一背压室及用于连通进水口和出水口的封水口，所述第一背压室内设有用于启闭封水口的密封组件，所述上盖上设有第二背压室、用于连通第一背压室和第二背压室的孔及用于连通第二背压室和出水口的中孔，所述进水口和第一背压室通过通道和贯通结构相连通，所述贯通结构包括设于阀体上的第一边孔、设于上盖上的压损槽及设于压损槽内的第二边孔，所述第一边孔和第二边孔的孔深小于等于0.3mm。本实用新型中第一边孔和第二边孔的孔深小于等于0.3mm，使得第一边孔或第二边孔内出现微生物结膜时，在水压的作用力下很容易就可以将微生物结膜冲破。