本实用新型涉及水体环境DNA采样技术领域且公开了一种水体环境DNA采样装置，包括箱体，所述箱体的底部开设有电源室，所述电源室的内部固定安装有蓄电池，所述箱体的开设有出水口，所述箱体的上表面左侧开设有样品槽，所述样品槽的顶端螺纹连接有密封盖一。该采样装置，通过在进水口的右侧固定安装的腔体，腔体内部固定安装的过滤板二对输送软管输送过来的水中的杂质进行拦截，防止过多的杂质在经过水泵时，对水泵造成堵塞，通过流量计对经过的水体进行体积测量，再上传到显示屏，方便对水的体积统计与记录，通过样品槽内部的无水乙醇可以很好的对滤纸进行样品保存，样品槽的数量为3，可进行多次采样保存。