本实用新型提供一种应用于制药废水的多级折流厌氧反应装置，包括置于装置主体一侧端上的进水管与回流管、置于装置主体另一侧端上的出水管、置于装置主体上部的出气管与置于装置主体内部的多组折流厌氧反应池；折流厌氧反应池进一步包括一端设有斜45°向下方向的第一折流板、第二折流板、生物填料与置于生物填料四角顶端上的牛腿支架，第一折流板与第二折流板的一端分别与装置主体的内顶端与内底端连接，第一折流板与第二折流板的另一端悬空。本实用新型提供的一种应用于制药废水的多级折流厌氧反应装置，解决了目前制药污水处理设备因具有施工技术复杂，运行难度大，能耗高，且污水处理效果不理想等缺点而导致无法对制药污水进行有效处理的问题。