本实用新型涉及一种微生物净化设备，包括：具有排气口和进气口的壳体；第一喷淋组件，设在壳体内且布置在排气口的下方；第一净化模块，设在壳体内且布置在第一喷淋组件的下方，并包括填料及选定微生物；第二喷淋组件，设在壳体内且布置在第一净化模块的下方；第二净化模块，设在壳体内且布置在第二喷淋组件与进气口之间，并包括填料及选定微生物；第一供液组件，与第一喷淋组件相连，能为第一喷淋组件供应营养液并控制第一喷淋组件朝向第一净化模块进行间歇的喷淋；第二供液组件，其与第二喷淋组件相连，能为第二喷淋组件供应营养液并控制第二喷淋组件朝向第二净化模块进行连续的喷淋。该微生物净化设备占地面积小、净化效率高、运行成本低。