一种紧急负压应变隔离系统，涉及应急设备技术领域，解决了目前隔离舱面板结构单一，除菌柜与隔离舱连接密封性不好，除菌效率低效果差的问题。所述紧急负压应变隔离系统包括隔离舱，以及除菌柜。所述隔离舱包括底板，顶板，以及面板。所述面板包括除菌层，隔音层，耐火层，以及外层，所述顶板上开设第一通孔，所述除菌柜包括第一抽气室，除菌室，第二抽气室，所述第一、第二抽气室内设有抽气装置，除菌室内设有除菌装置，所述除菌柜的顶部开设第二通孔，第一、第二通孔间设有连接管道，所述连接管道的两端与所述第一、第二通孔连接设有管箍。