本实用新型公开了一种棉签自动消毒装置，包括消毒筒、棉签盒、棉签夹具和消毒轨道。消毒筒内设有下压棉签的充填杆，充填杆的下方一侧设有用于按压相邻棉签的压板，外筒的下端设有挡杆；外筒上设有外筒电机，充填杆的表面位于轴向上设有齿条，外筒电机上设有外筒齿轮，外筒齿轮与齿条相啮合；棉签盒外壳上设有与消毒筒连通的充填杆孔，挡杆设置在充填杆孔处，盒体内设有多个伸出盒体的棉签；棉签夹具包括位于内筒下端与内筒同轴设置的夹头；消毒轨道的两侧通过支撑杆与消毒筒外壁连接，消毒轨道上设有用于与行走齿轮相啮合的螺旋齿条。本实用新型能减少针头暴露时间，防止交叉感染，操作方便，能减低医护人员劳动强度。