本实用新型涉及医疗器械设备技术领域，尤其是涉及一种内镜预处理酶装置，包括设置在底座上的第一容器及第二容器，第一容器内具有第一空腔体，第二容器内具有第二空腔体，第一容器上开设有与第一空腔体连通的第一进料口，第一容器内设置有用于搅拌介质的搅拌装置，第一容器和第二容器相互连通，第二容器位于第一容器下方，第二容器上设置有与第二空腔体连通的出料口，本实用新型内镜预处理酶装置在使用时，通过将水和酶由第一进料口送入至第一容器内搅拌，并由搅拌装置进行混合搅拌，再存放至第二容器内，在内镜需要清洗时，通过出料口排出介质，这样一镜一杯杜绝污染或感染，第一容器和第二容器处于封闭状态，第一容器和第二容器无需清理。