本实用新型公开了一种低运行成本农村小型污水处理系统，包括中央控制器，所述中央控制器串联连接有超声波液位器、收集池水泵、循环泵、变频风机、膜池液位计、溶氧仪、膜1电动比例蝶阀、膜2电动比例蝶阀、清水泵、反冲泵、加药泵、流量计，所述中央控制器上设置有时基，且时基设定的区域为用电峰谷平时区；釆用时基电路或网络时间设定峰谷平时区，增大收集池储存污水量，釆用变频器自动调节不同工作状态曝气量，釆用双倍水量或增半水量膜组提高最大产水量等技术措施，减低用电成本；与传统农村小型污水处理系统相比可降低电费约45％；在节假日用水高峰期间，可连续运行达到平时处理量的1.5倍，避免短期处理能力不够问题。