本实用新型提供一种便携式生物识别装置及建档系统，便携式生物识别装置包括支架，支架上设有至少一个生物识别模块和数据处理模块，生物识别模块与数据处理模块通信连接，支架包括握持部和固定部，握持部用于供用户握持以移动便携式生物识别装置，固定部可固定于外部设备。本实用新型在使用时，工人可手持该装置在不同的养殖栏之间进行移动，当移动至待识别的养殖栏时，可以利用装置自身的固定部固定在养殖栏上，对养殖栏内的动物进行识别，从而可以利用一台设备对多个养殖栏进行识别，有利于降低成本。