本实用新型公开了一种轮毂电机传动系统，包括轮毂和主轴，主轴的一端安装连接有输入组件，输入组件与轮毂驱动连接，轮毂内设有电机组件和谐波传动减速器，电机组件包括外转子、第一端盖和第二端盖，第一端盖包括盖体和波发生器，外转子与波发生器驱动连接且波发生器可转动的连接于主轴上，刚性齿轮安装连接于轮毂的内壁；还包括支撑筒，支撑筒与柔性齿轮连接，支撑筒与主轴转动连接，支撑筒与主轴之间或外转子与所述波发生器之间设有单向离合器。本轮毂电机在传动轮毂电机内设置谐波传动减速器使其传动比能够达到1/50以上，使其输出扭力能够达到80牛/米，在用户骑行中提供更大的输出扭力辅助用户骑行，适应更多骑行环境，提升用户骑行体验。