本实用新型提供了一种琼脂平板打孔器，包括打孔杆、限位套筒、打孔管、推杆、压板和针头；所述打孔杆的底端设有若干个打孔管，所述打孔杆上设有与其长度延伸方向相同的通孔，所述通孔的数目与打孔管的数目相等且一一对应，所述通孔和与其对应的打孔管相互连通；所述通孔内插设有推杆，且推杆的上端穿出通孔并固定连接有压板，推杆的下端固定有针头，所述推杆的长度大于通孔和打孔管的长度之和；所述打孔杆的上部套设有能够沿打孔杆上下移动的限位套筒，所述压板位于限位套筒的上方，限位套筒用于限制压板下压的距离；所述打孔杆上设有用于固定限位套筒位置的固定机构。该琼脂平板打孔器解决了单个打孔工作效率低以及打孔后琼脂块不易取出的问题。