本实用新型公开了一种医疗废水在线消毒装置，具体涉及医疗废水处理领域，包括箱体，所述箱体内部设有一号消毒室和二号消毒室，且所述二号消毒室位于一号消毒室一侧，所述一号消毒室内部一端固定设有管件，所述管件包括进水管、进药管和连接管，所述连接管固定设于进水管与进药管之间，且所述连接管分别与进水管及进药管之间垂直设置，所述箱体内部固定设有隔板，且所述隔板位于一号消毒室与二号消毒室之间，所述隔板底部一端开设有通道口。本实用新型整体无需耗电，仅需设置消毒箱，无其他设备，无需控制系统，无需人工操作，操作简单，投资成本低，材质选择性强，运行成本低，占地面积小，处理效率高。