本实用新型公开了一种焦磷酸测序仪的加热装置，包括加热炉，加热炉中有第一空腔和第二空腔，第一空腔中设置有制热设备，第二空腔中设置有制冷设备，加热炉外壁的一侧设置有保温层，加热炉外壁的另一侧设置有导温口，两个导温口处设置有启闭阀，两个导温口的中间部位上下侧固定连接有风扇，加热炉的外部铰接有加热炉盖，加热炉与加热炉盖可形成密闭的恒温腔，恒温腔内连接有温度传感器。本实用新型提供的焦磷酸测序仪的加热装置同时具有制热设备和制冷设备，通过温度传感器监视恒温腔内的温度并通过控制电路板反馈给控制电路板，控制电路板根据所反馈的温度以及所要求温度及时及时控制制热设备和制冷设备使恒温腔内的温度达到设定值。