本实用新型属于废水处理技术领域，尤其为一种水产养殖废水高效生物处理系统，包括微滤机和处理池，所述处理池的外侧表面固定有提升泵，所述提升泵的输入端与微滤机连接，所述提升泵的输出端与处理池连接，所述处理池的内部固定有第一隔板和第二隔板，所述处理池通过第一隔板和第二隔板分隔呈第一处理室、第二处理室和回水室；通过处理池内部设置的第一隔板和第二隔板，便于处理池内形成第一处理室、第二处理室和回水室，便于养殖废水分级处理，提高了废水处理的洁净程度，同时第一处理室和第二处理室的内部通过连接板表面焊接的导流板进行分层，增加了液体在第一处理室和第二处理室内部移动的路程，增加了固定化微生物与废水接触的时间。