本实用新型公开了一种黑水虻幼虫分离设备，包括底座和分离筒，所述分离筒固定安装在底座的上方，所述分离筒的一端外侧安装有驱动机壳，所述驱动机壳内设置有驱动机构，所述分离筒内转动安装有第一筛板，所述第一筛板的两端均固定连接有连接轴，所述第一筛板通过连接轴与分离筒的两端转动连接，所述驱动机构与其中一个连接轴连接，所述第一筛板的下方设置有第二筛板，所述第一筛板的两端均固定连接有固定板。本实用新型在分离筒内分层，将分离出来的黑水虻幼虫滞留在第二筛选板上，有效的避免黑水虻幼虫中混杂有细小的颗粒物，同时往复转动的方式，利用明显的惯性以及落差，能够有效的避免在筛板上卡入杂质，从而保持较好的分离效果。