本实用新型公开了一种生物质燃料灭菌锅炉，包括将集料斗内的燃料通过螺旋输送器输送至锅炉的燃烧腔内，并且燃料在从螺旋输送器进入燃烧腔的过程中，第一风机能够使空气随燃料一起进入燃烧腔内，并且在第一风机的作用下燃料分散在燃烧腔中，点火器点火后，开始燃烧，在第一风机的作用下燃料燃烧过程中向上漂浮，并且燃烧时在再燃烧装置中过滤网的作用下能够将未完全燃烧的燃料阻挡下，而完全燃烧后的燃料化为烟气后穿过过滤网，未完全燃烧的燃料从循环管上端进入其中，在第二风机的作用下从循环管下端重新进入燃烧腔内，在后续进入燃料腔的新燃料燃烧过程中重新燃烧直至完全燃烧化为烟气，能够保证生物质燃料完全燃烧。