本实用新型提供一种二氧化碳去除装置及水产养殖系统。二氧化碳去除装置，包括：环形围挡、分水板、多孔填料层和风机，所述环形围挡竖向布置，所述分水板和所述多孔填料层分别设置在所述环形围挡围绕形成的安装空间中，所述分水板位于所述多孔填料层的上方，所述分水板上设置有透水孔，所述分水板与所述环形围挡的上部形成进水槽，所述环形围挡的侧壁还设置有风口，所述风口位于所述多孔填料层的下方，所述风机位于所述环形围挡的外侧并连接所述风口。通过采用敞开式环形围挡来安装多孔填料层，以实现对流水进行缓冲处理，进而提高使用可靠性。