本实用新型公开了一种应用细胞过滤分离器的分离装置，包括细胞过滤分离器，细胞过滤分离器包括过滤结构，过滤结构包括过滤筒，所述过滤筒的表面设置有过滤网，并且过滤筒的一侧固定连接有手柄，应用细胞过滤分离器的分离装置包括箱体，箱体的顶部固定连接有气泵，所述气泵的进气口连通有进气管，本实用新型涉及细胞分离技术领域。该细胞过滤分离器及其分离装置，通过箱体的顶部固定连接有气泵，采用气体往箱体内部通入的方式，来替代传统的搅拌形式，这样的方式会大大降低对细胞的损伤，提高分离的质量，通过进料管的顶端活动连接有过滤结构，增大了承载液体的表面积、体积和液体下层压强，更有利于液体流下。