本实用新型公开了一种蓝藻打捞船双层过滤装置，所述船体的上端一侧连接有打捞仓，所述过滤系统位于船体的上端中部，所述船体的上端左侧连接有存料仓，所述过滤系统包括舱体，所述舱体的上端右侧连接有进料口，所述进料口的下端延伸至舱体的内部，所述舱体的内部设有第一通道，所述第一通道的下端设有第一过滤网，所述第一过滤网的下端设有第二通道；本实用新型打捞仓打捞出后直接进入过滤系统的舱体内，通过第一通道、第二通道、第三通道、第四通道的设置，便于水和蓝藻下料，通过第一过滤网的网眼孔径大于第二过滤网的网眼孔径的设置，依次进行过滤，有效的将蓝藻进行分离，打捞后的过滤分离效果好、效率高。