本实用新型公开了一种气泡陷阱机构以及层析系统。该气泡陷阱机构包括多个气泡陷阱单元，气泡陷阱单元包括陷阱瓶、进液管、出液管、通气管以及控制阀，进液管、出液管以及通气管均通过陷阱瓶的顶部与陷阱瓶连通，进液管、出液管以及通气管上均设置有控制阀，出液管位于陷阱瓶内的端部延伸至陷阱瓶的瓶底部，通气管位于陷阱瓶内的端部与陷阱瓶的瓶顶部齐平，进液管朝外的端部用于与层析进液机构的各个进液口连通，出液管用于与层析机构连通。层析系统包括气泡陷阱机构。该气泡陷阱机构决了现有技术中多种层析溶液共用导致的频繁排空和冲洗、清洗消毒不完全导致的污染风险的问题，在层析工作中，简化操作、节省时间和减少各种层析溶液消耗。