本实用新型提供一种果树花药分离装置，属于农业生产技术领域，以解决花药分离方法中，需要取下花朵，取下花朵有可能误采雌花，可能伤及苞芽影响生长，分离设备体积大，不便于移动，能耗高，不利于环保和可持续发展。包括所述外壳后部固定连接有一组操作杆；所述外壳内部固定连接有一组风扇；所述外壳前部固定连接有一组刷头；所述刷头后端传动连接有一组齿轮组。本装置直接将外壳扣在花朵上，按压毛刷采集花药，通过电池驱动风扇产生负压防止花药掉落，直接进行花药采集不必再使用分离机进行分离，节省能源，同时直接采集花药不需要破坏花朵结构，保证花朵完整性，减少对苞芽影响，结构简单，轻巧便携，更加节能环保和可持续发展。