本实用新型提供一种生物工程实验用搅拌匀浆装置，涉及生物工程领域。该生物工程实验用搅拌匀浆装置，包括固定桶、盛放桶和搅拌机构，盛放桶放置在固定桶的内部，搅拌机构螺纹连接在固定桶的外表面上方并延伸至盛放桶的内部，固定桶的内部下方固定安装有隔板，隔板的上表面开设有贯穿隔板的通孔，隔板的底端位于通孔的外侧固定安装有活塞套。该生物工程实验用搅拌匀浆装置，通过设置密封垫、活塞套能够在盛放桶放置在固定桶内将盛放桶挤压的空气留有收集的空间，同时能够通过凸块和压板在凹槽内的配合，能够将挤压到活塞套内的空气提供缓冲，从而能够达到固定盛放桶的效果，解决了现有技术中盛放桶晃动的问题。