本实用新型公开了一种染色分离医用内窥镜摄像系统，包括：手持端，包括摄像头和编码模块，摄像头用于产生视频信号，编码模块对视频信号进行编码处理；主机端，包括双路解码模块、第一信号处理器、第二信号处理器、信号转换分离模块、第一输出模块和第二输出模块，第一信号处理器对视频信号进行处理后生成正常图像，第二信号处理器用于对视频信号进行处理后生成炫色图像，第一输出模块将正常图像输出至第一显示器，第二输出模块用于将炫色图像输出至第二显示器；同轴线缆，用于电连接手持端和主机端，同轴线缆连接于编码模块和双路解码模块之间。本实用新型提供的染色分离医用内窥镜摄像系统，能够看到同一视角的两种功能画面，降低手术的风险。