本实用新型涉及水利工程和航运工程领域，公开了一种分层定向透水式隔流堤，包括透水式隔流堤主体，透水式隔流堤主体在水平方向上并排开有若干个连通引航道和河床的透水孔，每个透水孔内设有将透水孔由上至下平均分为若干层透水孔洞的导水隔板，每个透水孔洞位于引航道开口在位于河床开口的下游，每个透水孔洞位于引航道开口在位于河床开口的下方，且透水孔在水平面上的投影均与引航道轴线形成夹角α，为30°～60°，透水孔洞在立面上的投影与竖直线形成倾角β，为45°～60°。本实用新型分层定向透水式隔流堤，减轻引航道口门区横向流、回流及泡漩等不良流态影响，有效改善口门区通航条件的同时，不会恶化引航道内的表面流态，同时不需要付出较大的其他代价。