本实用新型公开了一种微生物培养用器皿清洗装置，包括壳体，所述壳体的内腔从上到下依次固定连接有第一隔板、第二隔板、第三隔板和不锈钢盆，且第三隔板顶部的左端固定安装有输出端通过管道连通加热器的高压泵机。本实用新型设置了第一隔板、第二隔板、第三隔板和不锈钢盆，可将壳体分为多个独立的空间，设置了电机和清洗辊，可达到对培养皿进行物理清洗的目的，设置了高压泵机、管道、加热器和喷头，可达到对培养皿进行高温高压清洗的目的，设置了超声波发生器和超声波换能器，可对不锈钢盆内的培养皿进行超声波清洗，通过以上结构的配合，使本装置具有物理清洗、高温高压清洗和超声波清洗，有效提高了对培养皿的清洗效果。