本实用新型涉及医化废水消毒技术领域，尤其为一种医化废水用自动消毒系统，包括消毒罐、消毒箱、净化箱和水泵，所述消毒罐的顶端内侧固定连接有水位感应器，所述水位感应器设置在消毒罐的右端内侧，所述消毒罐的顶端固定连接有消毒剂箱，所述消毒剂箱的内侧与消毒罐的顶端内侧均开设有通孔，本实用新型中，通过设置的弹簧、堵球、电机和螺旋桨等构件，可以实现对消毒剂的自动添加，当医化废水经过进水法兰接口进入到消毒罐的内侧后，水位感应器会实时监测消毒罐内侧的水位，并将数据传递到控制器，控制器会根据当前的水位对消毒罐的内侧进行添加消毒剂，同时的，电机带动螺旋桨转动，螺旋桨通过转动使消毒罐内的废水出现上下的对流。