本实用新型提供了一种磁悬浮分子泵水冷却装置，包括磁悬浮分子泵，所述磁悬浮分子泵上端为磁悬浮电机总成底座，在所述磁悬浮电机总成底座的上表面设有两个对接在一起的第一冷却水管压环和第二冷却水管压环，所述第一冷却水管压环和第二冷却水管压环的底部设有冷却水管，所述冷却水管的进水口和出水口均穿出第二冷却水管压环。本实用新型有益效果：可以随意改变进出水方向，降低磁悬浮分子泵的现场安装要求；同时有效解决了冷却系统长期使用造成冷却水管无法更换或更换难度大的问题，降低维修成本。