本实用新型提供的全自动生物实验器皿处理系统，包括清洗消毒箱、支架、生物实验器皿支撑组件以及清洗组件；所述清洗消毒箱固定设置于支架，所述生物实验器皿支撑组件设置于清洗消毒箱内，所述清洗组件的输入端与气源设备以及液态介质输入设备连接，所述清洗组件可沿支撑架的横向往复运动并向生物实验器皿支撑组件提供清洗消毒及风干介质，通过本实用新型，能够对生物实验器皿进行自动清洗以及对生物实验器皿进行浸泡消毒和风干处理，在处理过程中能够有效避免人体与生物实验器皿如核酸架或血型梯度板产生接触，从而防止对人体感染，而且，能够避免由于人体的直接接触对下次实验的标本产生污染，从而确保实验结果的准确性。